Unutrašnja organizacija Ministarstva se zasniva na grupisanju istovrsnih, srodnih i međusobno povezanih upravnih i drugih stručnih poslova iz nadležnosti Ministarstva.
Za vršenje funkcija iz djelokruga Ministarstva postoje slijedeće osnovne organizacione jedinice:
- Odjeljenje rada i zapošljavanja, pravnih, općih, ekonomskih poslova i poslova povratka
- Odjeljenje socijalne zaštite, zaštite civilnih žrtava rata i zaštite porodice sa djecom